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實驗案例
首頁 實驗案例 超聲法與酶切法(打斷基因組的方法)比較|超聲波DNA打斷儀
2025/3/12 12:54:50
超聲法與酶切法(打斷基因組的方法)比較|超聲波DNA打斷儀
來源:上海凈信

將細(xì)菌基因組打斷,是構(gòu)建文庫的第一步,也是構(gòu)建多樣文庫的一個重要保障。超聲波和酶切法是兩種常用的斷裂基因組的方法。

下面我們看一下分別用超聲波和酶切法打斷“布魯菌16M株”基因組的效果圖。

對比效果展示

調(diào)整超聲時間,打斷結(jié)果圖

基因組打斷效果檢測分析

基因組打斷效果檢測分析:為了建立布魯菌基因組隨機文庫,通過用Sau3AI 酶切和超聲破碎基因組,得到想要的基因片段,為后續(xù)試驗做準(zhǔn)備。所需基因片段小于500 bp,片段均勻,大小適中(通過調(diào)整不同參數(shù),確定最佳參數(shù))。而通過電泳檢測可知, 酶切法得到的基因片段大多數(shù)都是小片段,超聲法得到的片段為一條抹帶,符合后續(xù)試驗需要。

超聲法對DNA的打斷是隨機的,且實驗重復(fù)性較高。對于那些與DNA結(jié)合不緊密的蛋白或低豐度表達的蛋白,如調(diào)控因子、轉(zhuǎn)錄因子等通常需要用交聯(lián)試劑固定樣本 ( 細(xì)胞或組織) 以穩(wěn)定蛋白質(zhì)和DNA的形態(tài),這種情況最好用超聲法。如果樣本無需交聯(lián),例如研究對象是與DNA 結(jié)合緊密的蛋白或高豐度表達的蛋白,那么便可以使用酶法。但酶切法得到的DNA片段相對較短,不適合染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)及與芯片方法的結(jié)合(CHIP-Chip) 實驗和染色質(zhì)免疫沉淀測序(CHIP-Seq) 實驗。

超聲波DNA打斷用到的儀器

超聲波DNA打斷儀采用等溫非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合。用于無菌、可超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。專為二代測序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀,探頭與樣品直接接觸,一次只能處理一個樣品,實驗周期長。對于多個樣品,需要重復(fù)使用同一探頭,容易造成樣品交叉污染。非接觸式樣品可在密閉容器下進行破碎,不產(chǎn)生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。對于每天要處理多個樣品或者貴重樣品的實驗室。

非接觸超聲波DNA破碎儀具有處理高通量,樣本低損耗,無交叉污染等優(yōu)勢。逐漸成為ChiP(染色質(zhì)免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺不可缺少的標(biāo)準(zhǔn)化工具。

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